增值税适用税目和税率的检查方法如下：

1、掌握增值税适用数目和税率的基本政策；

2、熟悉被查行业增值税适用税目和税率的基本特点。

3、了解被查对象的经管范围和经营内容，掌握其适用的基本税目和基本税率。

4、观察被查对象的经营过程，检查被查对象的经营合同内容，判断其适用的税目和税率是否正确。

5、对被查对象难以判断属性和用途的货物，应查阅有关书籍、咨询权威机构，必要时可以请有关部门进行技术鉴定，或到上下游企业进行调查。

6、对被查对象混淆的应税行为，应仔细研究被查对象的经营常规，通过经营全链条和内部核算规则，分析其适用税目和税率的正确性。

7、检查被查对象是否有因为营改增政策的变化或非主营业务的收入，而少缴增值税的情况。

例如，某企业2016年5月银行凭证载收到代扣代缴个人所得税手续费28000元，未按规定按代理经纪服务缴纳增值税。2016年9月银行凭证载收到理财赎回收入21000元，营改增后保本金融商品持有到期需按贷款服务缴纳增值税，企业未按规定缴纳贷款服务增值税。

8、检查被查对象是否将高税率的税目适用低税率税目计算销项税额。

例如，电信企业提供的TD网络容量租赁服务，如果租赁标的物属于有形动产，则该服务属于经营租赁服务，应按13%的税率缴纳增值税；如果租赁标的物是波长、带宽等“无形”的网络元素，则该服务应属于基础电信服务，依9%的税率缴纳增值税。按照《财政部国家税务总局关于将电信业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2014）43号)的规定，基础电信服务，是指利用固网、移动网、卫星、互联网，提供语音通话服务的业务活动，以及出租或者出售带宽、波长等网络元素的业务活动。电信企业来电显示、呼叫转移、来电等待等业务的收入，应当按照“增值电信业务”，依6%的税率缴纳增值税。再如，将应该纳人销售货物价外收费，按货物的税率申报缴纳增值税的项目，错误地适用了较低税率申报缴纳增值税。

9、检查被查对象是否将不能够开具增值税专用发票的税目适用能够开具值税专用发票的税目计算销项税额。例如，酒店企业将不可开具增值税专用发票的餐饮服务内容按住宿服务申报开具增值税专用发票。

10、检查被查对象兼营不同税目、不同税率的应税项目，是否未分别核算不同应税项目的销售额。

11、检查被查对象涉及的主要会计科目，包括：原材料、生产成本、主营业务收入、其他业务收入、营业外收入、投资收益、资本公积、应交税费—应交增值税，等明细账及有关凭证、合同。

来源：《税务稽查》节选。